Majd két év várakozás után megjelent a MySQL adatbázis alkalmazás 5.6-os verziója. Az új MySQL verzió legfontosabb újítása, hogy a benne található InnoDB motor már minden olyan funkciót magáénak tud, amit a korábbi verzióknál csak a referenciaintegritást és tranzakcióbiztonságot nem nyújtó MyISAM motorban voltak elérhetőek (pl. full-text indexing).
Ehhez hozzá jön, hogy az új MySQL 5.6 online – vagyis működése közben, élő adathalmazon – képes elvégezni számos olyan az adatstruktúrákat módosító műveletet is, amelyek az ezt megelőző verziókban a módosításban érintett táblák átmenetileg offline módba kapcsolását követelték meg. Ennek eredménye képen az új verziótól kezdve pl. az ALTER TABLE nem blokkolja a lekérdezéseket egy új mező hozzáadásának idejére, hanem a kiszolgálás zavartalan működése mellett lehet a módosításokat véghez vinni.
Emellett számos egyéb a működést megkönnyítő funkcióval rukkoltak elő a fejlesztők, viszont a MySQL 5.6.10 egyelőre csak a fizetős Enterprise Edition változatban létezik. Az ingyenes Community Edition még várat magára. Az pedig, hogy érdemes e, a tárhely szolgáltatók részéről erre az új verzióra váltani, majd az elkövetkezendő időkben ki fog derülni.